dimecres, 29 d’abril del 2015

Shewanella spp.

Imagen 1: Shewanella sp. MR-4 y MR-7.
Fuente: JGI Genome Portal
NOMBRE: Shewanella spp.
CLASIFICACIÓN
Fílum: Proteobacteria 
Clase: Gammaproteobacteria 
Orden: Alteromonadales  
Familia: Shewanellaceae 
Género: Shewanella


CARACTERÍSTICAS MORFOLÓGICAS: 

Shewanella es un género de bacterias Gram negativas de hábitat generalmente marino (Dikow, 2011). Su morfología es bacilar de hasta 4 μm de largo y un diámetro de 0.4-0.7 μm. Las bacterias pertenecientes a este género son móviles, presentan flagelación polar monótrica. No poseen cápsula y no esporulan. En medios de cultivo sólidos, las colonias son de color beige-rosado, circulares, lisas y convexas. En medios líquidos pueden formar agrupaciones filamentosas. (Venkateswaran et al., 1999).

CARACTERÍSTICAS METABÓLICAS:

El género Shewanella es conocido por la versatilidad metabólica de sus especies. Las bacterias de este género, quimioorganoheterotróficas y respiradoras aerobias facultativas, presentan un amplio rango de aceptores de electrones, entre los que se encuentran: oxígeno, nitrato, nitrito, fumarato, Fe (III), tiosulfato, sulfuro elemental, etc. (Yoon et al., 2013). Participan en diversos procesos anaeróbicos como la reducción desasimilatoria de óxidos de manganeso y de hierro (Myers & Nealson, 1988). Estas características permiten a los organismos acoplar la descomposición de materia orgánica a la reducción de los diferentes aceptores de electrones hallados en su medio (Frederickson et al., 2008).

El estudio genético, con la posterior comprobación experimental, muestra la posibilidad de utilización de una gran diversidad de fuentes de carbono (glucosa, lactosa, arabinosa, etc.) por parte de las especies Shewanella (Rodionov et al., 2010).

El crecimiento de Shewanella spp. en condiciones anaeróbicas emplea como fuente de poder reductor diversos donadores de electrones, incluyendo lactato, piruvato e hidrógeno (Pinchuk et al., 2011); pero no acetato, el cual solo utiliza en condiciones aeróbicas (Yoon et al., 2013).
La vía metabólica mayoritaria en condiciones anoxigénicas es la serina-isocitrato liasa; bajo ciertas condiciones, también pueden realizar el ciclo de los ácidos tricarboxílicos.  (Tang et al., 2007).
Shewanella spp. son reconocibles mediante pruebas bioquímicas gracias a los siguientes factores:
Imagen 2: Características bioquímicas del género ShewanellaFuente: MacFaddin, 2003.
CARACTERÍSTICAS ECOLÓGICAS:
Las bacterias del género Shewanella se encuentran ampliamente distribuidas alrededor del mundo, desde ambientes marinos profundos a fuentes hidrotermales y lagos de agua dulce (Dikow, 2011), pero especialmente en aguas marinas frías. La diversidad metabólica de las especies supone una ventaja competitiva en entornos sujetos a las variaciones espaciales y temporales en el tipo y la concentración de aceptores externos de electrones (Yinjie et al., 2006). Esta versatilidad hace que sean importantes para el ciclo del carbono y tengan potencial para la remediación de ambientes contaminados y su uso en pilas de combustible microbiano (Frederickson et al., 2008). 
Pueden habitar en lugares con temperaturas bajas, son psicrotolerantes, y pH entre 6 y 9. Algunas especies son barófilas, es decir, pueden resistir presiones muy elevadas (Kasahara et al.,2009).
También pueden vivir asociados a comunidades de fermentadores (Cook et al., 2001), aprovechando los productos residuales de su metabolismo, y a otros organismos (Nealson et al., 2006).
OTRAS CARACTERÍSTICAS, APLICACIONES O PROBLEMÁTICAS:

Imagen 3: Árbol genómico.
Fuente: BMC Genomics.
Los análisis genéticos basados en los datos del genoma completos han permitido la elaboración de hipótesis sobre la filogenia del género Shewanella (Dikow, 2011).
Los miembros de este género han sido relacionados con el deterioro de los elementos proteínicos e implicados como patógenos oportunistas de animales acuáticos y humanos (Venkateswaran, 1999). Como ha sido mencionado antes, tienen importancia en el ciclo del carbono y poseen potencial de biorremediación gracias a su versatilidad metabólica (Frederickson et al., 2008).
Las únicas especies aisladas en humanos han sido S. algae y S. putrefaciens, demostrando la primera más virulencia. El diagnóstico de infecciones causadas por Shewanella ha aumentado su frecuencia en los últimos años. 
Estas bacterias son sensibles a antimicrobianos como la eritromicina, pero resistentes a la penicilina; han sido causantes de brotes intrahospitalarios como el ocurrido en Corea en 2008 (Ocaña, 2011).

BIBLIOGRAFÍA:
  1. Cook, M.A., Osborn, A.M., Bettandorff, J., y Sobecky, P.A. (2001) Endogenous isolation of replicon probes for assessing plasmid ecology of marine sediment microbial communities. Microbiology, 147(8), 2089-2101. Recuperado desde http://mic.sgmjournals.org/content/147/8/2089.full.pdf+html
  2. Cruz-García, C., Murray, A.E., Klappenbach, J.A., Stewart, V., y Tiedje, J.M. (2007). Respiratory Nitrate Ammonification by Shewanella oneidensis MR-1. Journal of bacteriology, 189(2), 656-662. doi: 10.1128/JB.01194-06
  3. Dikow, R.B. (2011). Genome-level homology and phylogeny of Shewanella. BMC Genomics, 12(237), 1-14. doi:10.1186/1471-2164-12-237
  4. Fredrickson, J.K. et al. (2008). Towards environmental systems biology of Shewanella. Nature Reviews Microbiology, 6, 592-603. doi:10.1038/nrmicro1947
  5. Kasahara, R., Sato, T., Tamegai, H., y Kato, C. (2009). Piezo-Adapted 3-Isopropylmalate Dehydrogenase of the Obligate Piezophile Shewanella benthica DB21MT-2 Isolated from the 11,000-m Depth of the Mariana Trench. Bioscience, Biotechnology and Biochemistry, 73(11), 2541-2543. doi: 10.1271/bbb.90448
  6. Kato, C., y Nogi, Y. (2001). Correlation between phylogenetic structure and function: examples from deep-sea Shewanella. FEMS Microbiology Ecology, 35(3), 223-230. doi: http://dx.doi.org/10.1111/j.1574-6941.2001.tb00807.x
  7. LPSN. (2013). List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature. Recuperado desde http://www.bacterio.net/shewanella.html
  8. MacFaddin, J.F. (2003). Pruebas bioquímicas para la identificación de bacterias de importancia clínica (3a ed.). Buenos Aires: Editorial médica panamericana.
  9. Nealson, K.H., y Scott, J. (2006). Ecophysiology of the Genus Shewanella. The Prokaryotes, 1133-1151. doi: 10.1007/0-387-30746-X_45
  10. Ocaña, A.V. (2011). Infecciones por Shewanella spp. [Apuntes académicos]. Colegio de bioquímicos de la provincia de Córdoba.
  11. Pinchuk et al. (2011). Pyruvate and Lactate Metabolism by Shewanella oneidensis MR-1 under Fermentation, Oxygen Limitation, and Fumarate Respiration Conditions. Applied and environmental microbiology, 77(23), 8234-8240. doi: 10.1128/AEM.05382-11
  12. Rodionov et al. (2010). Genomic encyclopedia of sugar utilization pathways in the Shewanella genus. BMC Genomics, 13(11), 494. doi:10.1186/1471-2164-11-494
  13. Tang, Y.J., Hwang, J.S., Wemmer, D.E., y Keasling, J.E. (2006) Shewanella oneidensis MR-1 Fluxome under Various Oxygen Conditions. Applied and environmental microbiology, 73(3), 718-729. doi:  10.1128/AEM.01532-06
  14. Tang, Y.J., Meadows, A.L., Kirby, J., y Keasling, J.D. (2006). Anaerobic central metabolic pathways in Shewanella oneidensis mr-1 reinterpreted in the light of isotopic metabolite labeling. Journal of bacteriology, 189(3), 894-901. doi: 10.1128/JB.00926-06
  15. Venkateswaran, K., et al. (1999). Polyphasic taxonomy of the genus Shewanella and description of Shewanella oneidensis sp. now. International journal of systematic bacteriology, 49(2), 705-724. doi: 10.1099/00207713-49-2-705
  16. Yoon, S., Sanford, R.A., y Löffler, F.E. (2013). Shewanella spp. Use Acetate as an Electron Donor for Denitrification but Not Ferric Iron or Fumarate Reduction. Applied and Environmental Microbiology, 79(8), 2818 –2822. doi: 10.1128/AEM.03872-12
  17. Zhao, J-S., Deng, Y., Manno, D., y Hawari, J. (2010). Shewanella spp. Genomic Evolution for a Cold Marine Lifestyle and In-Situ Explosive Biodegradation. PLoS ONE, 5(2), 1-22. doi: 10.1371/journal.pone.0009109
Autoras:
María del Carmen Andrés de Rozas
Beatriz de las Mercedes López Ramos-Neble
Daniela Olivares Villalobos


Pseudomonas putida

Imagen 1: Pseudomonas putida
Fuente: emciblab.com



NOMBRE CIENTÍFICO: Pseudomonas putida


NOMBRE COMÚN: Bacteria del suelo

CLASIFICACIÓN:
Fílum: Proteobacteria
Clase: Gammaproteobacteria
Orden: Pseudomonadales
Familia: Pseudomonadaceae
Género: Pseudomonas



CARACTERÍSTICAS MORFOLÓGICAS:

Pseudomonas putida es un bacilo flagelado (presenta flagelos polares y aislados), Gram negativa y con un diámetro que oscila entre los 0,5 y 0,8 μm. No produce esporas y se puede encontrar tanto libre como formando pequeños grupos o cadenas (Forbes, 2009). 

Posee lípidos que le permiten desarrollar mecanismos de adaptación en respuesta a las tensiones físicas y químicas (Bernal et al., 2007); además, produce unos pigmentos que hacen que emita fluorescencia verde (Ramos et al., 2015).

CARACTERÍSTICAS METABÓLICAS: 

Pseudomonas putida es una bacteria quimioorganotrofa y respiradora aerobia estricta; utiliza el oxígeno como último aceptor de electrones. Su fuente de energía es química, es decir, no requiere luz solar para su crecimiento. Puede emplear una gran variedad de compuestos como fuente de carbono, tales como hidrocarburos (diversos compuestos aromáticos) e incluso compuestos tóxicos como los compuestos recalcitrantes y xenobióticos. Degradan la glucosa mediante la ruta Entner-Doudoroff y el ciclo de Krebs (Rojo et al., 2008). 

Una particularidad de este microorganismo es la presencia de numerosos plásmidos, lo que lo capacita para la utilización de una gran variedad de elementos orgánicos (Lacal, 2008). Por otra parte, tiene la capacidad de descomponer peróxido de hidrógeno en oxígeno y agua gracias a la enzima catalasa (catalasa positiva), además de la oxidasa que activa los citocromos cuando el oxígeno está reducido. Estas dos enzimas son utilizadas en las pruebas de identificación de la especie (Koneman et al., 2006).

CARACTERÍSTICAS ECOLÓGICAS: 

Esta bacteria es distinguida por su gran adaptabilidad a diversos medios; han sido aisladas en suelos, aguas y alimentos, así como asociados a distintas especies de animales y plantas (Fernández, 2012). La temperatura óptima de vida oscila entre los 25-30°C y necesita un pH neutro, entre 6-8. Es fácilmente aislable (Lacal, 2008).

Puede presentarse en las raíces de las plantas de manera simbiótica. La bacteria contribuye al crecimiento de la planta mediante fitohormonas, además de protegerla de patógenos y ayudarle en la captación de sustancias inorgánicas. En ocasiones puntuales ha sido identificada como patógeno oportunista (Bernal et al., 2007).

OTRAS CARACTERÍSTICAS, APLICACIONES O PROBLEMÁTICAS: 

Debido a su versatilidad metabólica, está siendo empleada en áreas como la biodegradación, biotransformación, biocatálisis, biocontrol y producción de bioplásticos.

Considerada un organismo modelo, Pseudomonas putida es objeto de estudios y experimentos de clonación y expresión de genes heterólogos. La cepa más estudiada es la KT2442 debido a la resistencia que presenta a la rifampicina (antibiótico bacteriano que inhibe la RNA polimerasa bacteriana mediante su unión a la subunidad beta) lo que facilita la aplicación de las distintas técnicas de Biología Molecular y manipulación genética (Fernández, 2012).  

Gracias a su capacidad de formar parte de la rizosfera de las plantas de manera simbiótica, está comenzando a ser utilizada en agricultura con el propósito de obtener mejores rendimientos así como en la conservación del medio ambiente (Rives et al., 2009)

Como ha sido mencionado anteriormente, en ocasiones ha sido identificada como patógeno oportunista del ser humano. Puede transmitirse de varias maneras aunque los factores de virulencia aún son desconocidos. Actúan habitualmente en pacientes con una enfermedad subyacente previa, debilitados inmunológicamente, y/o expuestos a dispositivos médicos o a medicamentos (Forbes, 2009).

BIBLIOGRAFÍA:
  1. Forbes, B.A. (2009). Pseudomonas, Burkholderia y microorganismos similares.Dentro de Bailey & Scott, Diagnóstico microbiológico (12 ed., p. 340-350). Buenos Aires: Editorial médica panamericana.
  2. Rives, N., Acebo, Y., Almaguer, M., García, J.C., y Hernández, A. (2009). Actividad antagónica frente a Pyricularia grisea (SACC) y fitoestimulación en el cultivo de arroz de cepas autóctonas de Pseudomonas putida (TRVE). Revista de Protección Vegetal, 24(2), 106-116. Recuperado desde http://scielo.sld.cu/scielo.php?pid=S1010-27522009000200006&script=sci_arttext
  3. Fernández Escapa, Isabel. Estudio del metabolismo de polihidroxialcanoatos en Pseudomonas putida: implicaciones fisiológicas y aplicaciones en el desarrollo de bioplásticos funcionalizados [en línea]. Madrid: Universidad Complutense de Madrid. Departamento de Bioquímica y Biología Molecular, 2012. <http://eprints.ucm.es/16903/1/T33991.pdf> (Consulta: 24 de abril de 2015).
  4. Bouallègue, O., Mzoughi, R., Weill, F.X., Mahdhaoui, N., Ben, Y., Sboui, H., Grimont, F., y Grimont, P.A. (2004). Outbreak of Pseudomonas putida bacteraemia in a neonatal intensive care unit. Journal of Hospital Infection, 57(1), 88-91. doi:10.1016/j.jhin.2004.01.024
  5. Lacal Romero, Jesús. Caracterización bioquímica y molecular del sistema de dos componentes TODS/TODT de Pseudomonas putidas [en línea]. Granada: Universidad de Granada. Departamento de Bioquímica y Biología Molecular, 2008. <http://digibug.ugr.es/bitstream/10481/1838/1/17367219.pdf> (Consulta: 24 de abril de 2015).
  6. Bernal, P., Segura, A., y Ramos, J.L. (2007). Compensatory role of the cis-trans-isomerase and cardiolipin synthase in the membrane fluidity of Pseudomonas putida DOT-T1E. Environmental microbiology, 9(7), 1658-1664. Recuperado desde http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17564601
  7. Koneman, E.W. y Allen, S. (2006). Koneman. Diagnóstico microbiológico: Texto y Atlas en color (6 ed.). Madrid: Editorial médica panamericana.
  8. Ramos, J.L., Goldberg, J.B. y Filloux, A. (2015). Pseudomonas: New Aspects of Pseudomonas Biology (7 ed.).New York: Springer Dordrecht Heidelberg new York. DOI: 10.1007/978-94-017-9555-5
  9. Rojo, F., Moreno, R., Ugidos, A. Morales, G. Fonseca, P., Viñas, A. y Yuste, L. (2008). Regulación global en Pseudomonas putida: la coordinación del metabolismo. Recuperado desde http://bacterialgenomics.org/rgb2008/programa_cientifico/P10.pdf
Autoras:
María del Carmen Andrés de Rozas
Beatriz de las Mercedes López Ramos-Neble
Daniela Olivares Villalobos

Shigella spp.



Imagen 1: Shigella spp.
Fuente: www.shigellablog.com
NOMBRE: Shigella spp.

CLASIFICACIÓN: 
Fílum: Proteobacteria 
Clase: Gammaproteobacteria 
Orden: Enterobacteriales 
Familia: Enterobacteriaceae 
Género: Shigella



CARACTERÍSTICAS MORFOLÓGICAS:

Las bacterias pertenecientes al género Shigella spp. son bacilos Gram negativos, aproximadamente de 0,5 x 1-3 µm de tamaño. Son inmóviles, no forman esporas y no tienen cápsula. Algunas cepas presentan fimbrias. En medio nutritivo las colonias son pequeñas, circulares, convexas, lisas y translúcidas (Parija, 2009). Forman colonias incoloras y lisas sobre medio selectivo, transparentes incoloras en agar MacConkey, opacas en agar Salmonella-Shigella, marrones en agar sulfito de bismuto y verdes en agar entérico Hektoen (Madigan et al., 2009).

CARACTERÍSTICAS METABÓLICAS:

Shigella spp. son quimiorganotróficas aerobias y anaerobias facultativas, por lo tanto capaces de obtener energía tanto de procesos de respiración como de fermentación. Fermentan manitol y glucosa formando ácido pero no gas. Son incapaces de fermentar lactosa, sucrosa, salicina, adonitol o inositol. Sin embargo, S. sonnei es capaz de fermentar lactosa y sucrosa cuando se incuba prolongadamente. 

Reducen nitratos a nitritos y no forman H2S. Son MR positivas, citrato negativas, y oxidasa negativas. La mayoría de las cepas son catalasa positivas con excepción de S.dysenteriae de tipo 1 que es catalasa negativa (Parija, 2009). En las pruebas IMViC dan como resultado indol variable, rojo metilo positivo y Voges-Proskauer negativo (Engelkirk & Duben-Engelkirk, 2008).

Las cepas de Shigella spp. producen endotoxinas, factores de adherencia intestinal y exotoxinas causantes de virulencia (Ingraham & Ingraham, 1998).
CARACTERÍSTICAS ECOLÓGICAS:

Las especies pertenecientes al género Shigella son patógenos humanos estrictos. Se encuentran en el intestino grueso y no se han encontrado presentes en otros animales (Parija, 2012). Crecen en un rango de temperatura de 10-40oC, con una temperatura óptima de 37oC y pH de 7,4. En las heces, mueren después de unas cuantas horas debido a la acidez producida por el crecimiento de las bacterias intestinales. 

Permanecen viables en  muchos ambientes (aguas contaminadas o fómites) por días, pero mueren rápidamente en medios secos. S. sonnei es en general más resistente a condiciones desfavorables que otras especies del género Shigella (Parija, 2009).
OTRAS CARACTERÍSTICAS, APLICACIONES O PROBLEMÁTICAS

Basado en la combinación de características bioquímicas y serológicas, el género Shigella spp. está clasificado en cuatro especies o subgrupos: Shigella dysenteriae (grupo A), Shigella flexneri (grupo B), Shigella boydii (grupo C) y Shigella sonnei (grupo D).

Son causantes de enfermedades como la shigelosis o disentería bacilar y síndrome hemolítico urinario (Engelkirk & Duben- Engelkirk, 2008).
La shigelosis es una enfermedad gastrointestinal aguda de periodo de incubación corto que se manifiesta con diarreas sanguinosas o mucosas, fiebre, vómitos, calambres abdominales y tenesmo (Parija, 2009). Tan sólo la ingesta de 200 bacterias de Shigella pueden causar la enfermedad y pueden ser transmitidas por moscas, dedos, alimentos contaminados, etc.
La shigelosis no complicada es una enfermedad autolimitada y los pacientes generalmente se recuperan espontáneamente en pocos días; en caso de complicación, puede ser tratada con antibióticos como amplicina, tetraciclina, quinolonas, ácido nalidíxico y ciprofloxacina.
La toxina Shiga característica de la especie S. sonnei presenta tres tipos de actividades tóxicas: neurotóxica, enterotóxica y citotóxica. Su primera manifestación es el daño en el epitelio intestinal del huésped infectado, causando diarrea y disentería. Sin embargo, en un número reducido de casos esta toxina puede dañar las células endoteliales dando como resultado el síndrome hemolítico urinario.

Anualmente se estiman unas 150 millones de infecciones por Shigella, siendo la tasa de incidencia 20 veces mayor en países en vías de desarrollo, dándose con más frecuencia en menores de 5 años y generalmente entre verano y otoño. (J. Ingraham & C. Ingraham, 1998).
BIBLIOGRAFIA:
  1. Engelkirk, P. G. y Duben-Engelkirk, J. Laboratory Diagnosis of Infectius Diseases: Essentials of Diagnostic Microbiology. Baltimore: Wolters Kluwer Health/Lippincott Williams & Wilkins, 2008.
  2. Ingraham, J. L. y Ingraham C. A. Introducción a la microbiología II. Barcelona: Editorial Reverté  S.A, 1998.
  3. Madigan, M. T., Martinko, J. M., Dunlap, P. V., y Clark, D. P. Brock biología de los microorganismos. 12a ed. Madrid: Pearson Educación, 2009
  4. Parija, Subhash Chandra. Textbook of Microbiology and Immunology (1st ed.). Haryana, India: Elsevier, 2009.
  5. Parija, Subhash Chandra. Textbook of Microbiology and Immunology (2n ed.). Haryana: Elsevier, 2012.
Autoras:
María del Carmen Andrés de Rozas.
Beatriz de las Mercedes López Ramos-Neble.
Daniela Olivares Villalobos










Acetobacter spp.

·      Nombre:
Acetobacter spp.




·   Clasificación:


·    Características morfológicas:
Morfología: bacilos o bacilococos
Agrupación: colonias lisas o rugosas
Gram: Gram negativas
Medida:1-6 micras diámetro y 0,6-0,8 micras longitud
Movilidad: Móviles por flagelación polar pétrica o no móvil.
Pigmentación: Gris
Catalasa: negativa
·    Características metabólicas:
metabolismo aerobio: quimioheterótrofo.
fuente de energía: reacciones de oxidación-reducción
fuente de poder reductor: sustancia orgánica (etanol)
fuente de carbono: materia orgánica (etanol)
aceptor externo de electrones: NADPH
reciclaje del NADH: respiración oxigénica.

Como la fuente de carbono son tanto el ácido acético como el etanol ambos deben estar presentes para el óptimo crecimiento de Acetobacter, los cuales serán oxidados hasta CO2 y H20.
·    Características ecológicas:
Las bacterias del ácido acético viven en la superficie de las plantas donde constituyen una microflora secundaria que utiliza los productos de desecho de la microflora primaria (bacterias lácticas y levaduras). Esto es así porque presentan la capacidad de utilizar alcoholes como fuente de carbono y energía produciendo su oxidación a CO2 y H2O.  La producción de ácido acético por estas bacterias las hace extremadamente acidófilas.
Estas bacterias presentan:
  • Una tolerancia a altas concentraciones de ácido.
  • Un bajo requerimiento de nutrientes
  • Una capacidad de metabolizar el ácido acético (para que no ocurra la sobreoxidación)
Estas especies se encuentran principalmente en el aire y son ubicuos en la naturaleza.
Las células se distribuyen, en la sidra, en parejas, en forma individual o incluso formando cadenas, siendo aerobias obligadas, es decir, requieren la presencia de oxígeno para desarrollarse.
·    Aplicaciones o problemáticas:
Aplicaciones industriales: vinagre, Ácido glucónico, sorbosa, celulosa, etc.
Las bacterias del ácido acético tienen una aplicación industrial importante en la fabricación del vinagre, aunque también intervienen de forma relevante en la producción de ácido ascórbico (vitamina C) por oxidación del sorbitol y de la sorbosa. Aparte de todo esto, estas bacterias también pueden destruir en vino, volviéndolo muy ácido.
El ácido acético es importante por:
- Actúa como acidulante
- Actúa como resaltador del sabor
- Higiene personal
- Limpieza de materiales

Autores: Neus Bonet, María Cid, Lorena Gómez y Nora Pibernat.